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商标注册申请的实质审查，是商标局根据《商标法》、《商标法实施条例》以及其他有关规章，对经过形式审查、决定受理的商标注册申请，按其申请日期的先后，对构成商标的文字、图形、字母、数字、三维标志、颜色组合或者上述要素的组合，通过检索、分析、对比和必要的调查研究，审核其实质要件的合法性，以确定是否准予初步审定并予以公告的行政行为。实质审查是决定申请商标能否获得商标专用权的关键环节。
一、商标实质审查的法律依据
商标注册申请的实质要件，是指《商标法》以及其他有关规章在申请注册的商标的可注册性和与在先权利商标的关系等方面所规定的要求和条件。现行《商标法》及其《实施条例》中对这些要求和条件的规定主要集中在《商标法》第10-13、16、28、29条以及《实施条例》的第19条。
商标注册申请的实质审查主要包括两方面的内容，一方面是对申请商标是否属于《商标法》第10-13、16条等条款关于不得作为商标使用或注册的标志的审查(即所谓”禁止性规定的审查”或”绝对条件的审查”)，另一方面是对申请商标是否与他人在同一种或者类似商品(或服务)上已经注册或者初步审定或者申请在先的商标相同或者近似的审查(即所谓”在先商标权的审查”或”相对条件的审查”)，适用《商标法》第28、29条及《实施条例》第19、21条的规定。
前文提到的《商标法》及其《实施条例》中关于商标注册申请的实质要件的具体条款就是商标实质审查的法律依据，具体内容是：
1、《商标法》第10条“下列标志不得作为商标使用……”，该条规定的标志除了禁止使用外，当然还禁止作为商标注册：
2、《商标法》第11条“下列标志不得作为商标注册……”，该条规定禁止注册的标志不完全禁止使用，并且，通过使用产生显著性的，还可以予以注册；
3、《商标法》第12条“以三维标志申请注册商标的……”，该条是与新增加的三维标志(即立体商标)相应订立的三维标志实质审查的配套条款，属立体商标注册申请实质要件的特殊规定；
4、《商标法》第13条关于保护两种类型驰名商标的规定；
5、《商标法》第16条关于地埋标志 (即原产地名称)保护的规定；
6、《商标法》第28条关于申请注册的商标不得与他人在先注册或初步审定的商标相冲突的规定，该条体现了在确定商标权归属时注册在先的审查原则；
7、《商标法》第29条关于不同申请人在同一种或类似商品(或服务)上以相同或近似的商标申请注册的、初步审定并公告申请在先或使用在先的商标的规定，该条体现了在特定条件下确定商标权归属时申请在先和使用在先的审查原则；
8、《实施条例》第19条关于不同申请人在同一种或类似商品(或服务)上分别以相同或近似的商标同一天申请注册时如何处理的规定，该条是对《商标法》第29条的补充；
9、《实施条例》第21条关于部分驳回的规定。
上述第1、2、3、5项的禁止性规定属于商标实质审查中驳回商标注册申请的绝对理由，而4、6、7、8项的规定则属于驳回的相对理由，第9项则是取代原审查意见书程序的新的程序性规定，依该规定做出部分驳回决定时，既可以引用前述绝对理由，还可以引用相对理由，或者二者同时引用。
由于集体商标和证明商标在申请的形式要件和实质要件方面与其他商标的注册申请相比存在一些特殊性，因此，根据《商标法》第3条的规定，国家工商行政管理总局制定了《集体商标、证明商标注册和管理办法》，对集体商标和证明商标在注册和管理方面的有关事宜做了详细规定。这些规定也是对集体商标和证明商标的注册申请进行实质审查时应该遵循的法律依据。
可以说，商标实质审查工作中”禁止性规定的审查”就是商标审查人员对相关法律条文的理解与适用过程，”在先商标权审查”就是商标审查人员对指定在同一种或类似商品(或服务)上的商标是否属于相同或近似商标的判定过程，虽然实质审查过程是不可避免地存在审查人员的主观因素，但是审查人员的所有决定必须具有明确的法律依据，这也体现了依法行政的要求。
二、商标实质审查的结果
根据新《商标法》及其《实施条例》的有关规定，商标法注册申请的实质审查有三种结果：
1、在全部指定商品(或服务)上使用商标的注册申请符合商标法有关规定，由商标局初步审定，并予以公告；
2、在全部指定商品(或服务)上使用商标的注册申请不符合商标法的有关规定或与他人的在先商标权利发生冲突，由商标局驳回申请，不予公告；
3、在部分指定商品或服务上使用商标的注册申请符合商标法有关规定，而在其余部分指定商品(或服务)上使用商标的注册申请不符合规定或与他人的先商标权利发生冲突，则商标局对在前一部分指定商品(或服务)上使用商标的注册申请予以初步审定，并予以公告，同时对在其余部分指定商品(或服务)上使用商标的注册申请予以驳回。
三、相关的法律概念
前面的三种审查结果涵盖了以下几个需要明确的法律概念：
1、初步审定。商标注册申请的初步审定，是指经过审查，商标局认为商标注册申请符合《商标法》规定的形式要件和实质要件，依法做出初步同意该商标注册的决定。因初步审定的商标未经正式核准注册，不属于注册商标，故而没有商标专用权。
2、商标公告。《商标公告》是商标局定期编印发行的官方出版物，其内容包括初步审定商标公告，注册商标公告，注册商标变更、续展、转让、撤消公告等等。初步审定商标的公告是指商标局将决定准予初步审定的商标注册申请的有关内容在《商标公告》上刊登并公之于众的行为，其目的是为他人在法定期限内对公告的初步审定商标提出异议，以利于社会公众对商标局初步审定的商标进行监督，也便于其他在先权利人维护其合法权益，从而避免和减少商标注册后可能发生的争议。
初步审定商标公告的内容包括申请商标注册的申请人名义和地址、商标图样、指定使用的商品或服务项目及其所属类别、申请日期、初步审定编号；属共同申请的，代表人名义和地址，及共同申请人的名义；有代理人的，代理人名义；属立体商标或颜色组合商标的，加注说明；放弃商标部分内容专用权的，关于放弃部分的声明；属集体商标或证明商标的，集体商标或证明商标法的使用管理规则等。
3、商标注册申请的驳回。商标注册申请的驳回(通常指全部驳回)，是指经过实质审查，在全部指定商品(或服务)上使用商标的注册申请不符合《商标法》有关规定或他人的在先商标权利发生冲突，由商标局驳回申请，不予公告的行政行为。对驳回申请、不予公告的商标，商标局以发给《商标驳回通知书》的形式书面通知商标注册申请人其商标注册申请被驳回的理由及作为法律依据的《商标法》及其《实施条例》的相应条款，并告知申请人，如不服商标局的驳回决定，可以在自收到通知之日起的十五日内向商标评审委员会申请复审，由商标评审委员会做出复审决定。
4、商标注册申请的部分驳回。商标注册申请的部分驳回，是《商标法实施条例》第21条第1款规定的，它取代了原《商标法实施细则》第16条第2款关于在实质审查程序中实施《商标审查意见书》制度的规定。在实质审查程序中发给申请人《商标审查意见书》，只是商标局认为该商标注册申请的内容可以修正而给申请人提供的修正意见，申请人如按要求如期修正，商标局则对该商标予以初步审定并予以公告；申请人未作修正、超过期限修正或者修正后仍不符合《商标法》有关规定的，则驳回申请，发给申请人《商标驳回通知书》。这就是说，商标局发给申请人《商标审查意见书》，只是实质审查的中间程序，而不是最终结果。现行的部分驳回程序，则是商标局实质审查的最终结果之一，商标局以发给申请人《商标部分驳回通知书》的形式书面通知申请人，并告知申请人，如不服商标局的部分驳回决定，可以在自收到通知之日起的十五日内向商标评审委员会申请复审，由商标评审委员会做出复审决定。
依据部分驳回程序做出的审查结论，体现在商标局发给申请人的《商标部分驳回通知书》中，既包括应予驳回不予公告的内容，又包括可以初步审定予以公告的内容。至于对准予初步审定的内容何时公告，现行做法是：如果申请人在规定期限内没有就商标局的部分驳回决定向商标评委员会申请复审，商标局则将准予初步审定的内容及时公告：如果申请人不服商标局的部分驳回决定并在规定期限内向商标评审委员会申请复审，或者对商标评审委员会的评审决定还不服而向人民法院提起诉讼，则商标局对该商标注册申请中可以初步审定的部分内容也暂不予以公告，而是等商标评审委员会的评审决定或人民法院的判决生效后再决定公告初步审定的内容。该内容可能仅仅是商标局部分驳回时保留下来的商品或服务，也可能涉及商标评审委员会生效的决定或人民法院的判决予以初步审定的商品或服务。之所以如此规定，是考虑到至少在现行《商标法》没有增加关于商标注册申请可以分割成两个或多个申请的规定的情况下，一件商标注册申请只能作为一个完整的商标权予以核准注册，只能发给申请人一份商标注册证，这就要求该商标注册申请中能够获准初步审定并公告的指定商品或服务应同时公告。鉴于商标评审及诉讼终结往往费时较长，当商标注册申请被商标局部分驳回时，是否向商评审委员会申请复审，申请人应该权衡利弊，做出恰当选择。
《商标审查意见书》要求申请人按商标局的要求修正并及时回复商标局，《商标部分驳回通知书》则无此要求。“不必回复”正是“部分驳回”优于“审查意见书”的重要标志。它不仅简化了商标注册申请的实质审查程序，保证了审查程序的公正，而且大大减少了因审查意见书往返延时、申请人自作主张的修改、审查员的失误等原因导致诸多问题的发生，从审查程序上确保了商标实质审查质量和效率的提高，并为申请人合理地获得商标权利奠定了基础。
5、不予公告。不予公告，是指商标注册申请被驳回的，商标局实施的不予刊发《商标公告》的行为。如果是全部驳回，商标注册申请的所有内容都不予登载《商标公告》。如果是部分驳回，而且在法定期限内申请人未就商标局的部分驳回决定向商标评审委员会申请复审，商标局被驳回的注册申请内容不予登载《商标公告》，而公告未被驳回的内容。部分驳回后申请人向商标评委员会申请复审的，如前文所述，商标局对该商标注册申请的全部内容暂时均不予公告，待商标评审委员会的决定或人民法院的判决生效后，再决定可以初步审定公告的内容，其余不能初步审定的部分则不予公告。